Прошло пять лет с тех пор, как на острове Олух наступил мир между викингами и драконами.
Молодые герои (из первого фильма) играют между собой в "гонки на драконах" овцами; в это же время Иккинг исследует окружающий остров мир и составляет карту. После игры Иккинга догоняет на драконе Астрид - Иккинг признаётся ей, что отец хочет, чтобы он стал вождём племени. После разговора они подлетают к заледеневшему поселению, где встречают корабль под командованием охотника на драконов по имени Эрет, который промышляет тем, что захватывает драконов для завоевателя по имени Драго Блудвист.
Цель Драго - взять под свой контроль всех драконов, а потом и весь мир.
Иккинг хочет переубедить Драго не воевать. В раздумьях, летя выше облаков, он встречает безымянного наездника на драконе в маске. Тот приводит его в ледяную пещеру, которая служит приютом для неизвестных ему ранее видов драконов. Безымянный наездник - давно потерянная мать Иккинга, Валка. В пещере он узнает, что все драконы подчиняются королю драконов - Альфе, который может управлять всеми драконами. В отличии от любого другого дракона, с которым сталкивался Иккинг, у Альфы есть способность стрелять и дышать льдом вместо огня.
Отец Иккинга, Стоик, выслеживает сына в этой пещере и стремится вернуть его на Олух. Там же он обнаруживает, что его жена всё еще жива. После того, как они вновь вспоминают старую песню, которую пели друг-другу когда-то, они решают возвратиться на Олух.
Однако, Драго нападает со своей армией викингов и драконов на остров, где перевес в битве приносит чёрный дракон 10-го уровня (представитель той же самой породы, что и Альфа). Начинается сражение, в котором Альфа погибает, пропустив удар в бок бивнями. Возвестив о победе, Чёрный Альфа подчиняет себе всех драконов вокруг, в том числе и ночную фурию. Беззубик загипнотизирован Чёрным Альфой, который служит Драго. Драго дает приказ Альфе убить Иккинга, Чёрный Альфа транслирует приказ Беззубику.
Стоик и Валка спешат наперерез Беззубику, чтобы спасти Иккинга, Дракон борется с приказом Чёрного Альфы, но всё-таки изрыгает огонь. В этот момент Стоик заслоняет собой сына, погибая от выстрела Беззубика. Драго седлает ночную фурию и с новой армией драконов отправляется на захват Олуха.
Иккинг со своей матерью и друзьями хоронят Стоика по обряду викингов, поджигая ладью с телом стрелами. Главный герой решает, что он должен остановить Драго и вернуть Беззубика. Так как все взрослые драконы улетели вслед за Чёрным Альфой, Иккинг использует молодых драконов, не попавших под гипноз. Иккинг с его друзьями летят на Олух на бой с Драго и его армией.
Иккинг выводит Беззубика из транса, несколько раз повторив фразу о том, чтобы дракон вспомнил того, кто на самом деле его друг. Драго приказывает, чтобы Чёрный Альфа убил Иккинга и Беззубика. После нескольких безуспешных попыток, Чёрный Альфа попадает в Иккинга на Беззубике, замораживая их в куске льда. Спустя нескольких секунд лед озаряется изнутри синим цветом и начинает пылать - Беззубик находит в себе новые силы, чтобы его растопить всем своим телом, по-привычке спрятав Иккинга собой. Освободившись от льда, ночная фурия бросает вызов вожаку и получает поддержку от армии драконов, которые помогают победить Альфу. Шквальным огнём, драконы ломают правый, повреждённый бивень Альфы, обращая его в бегство. Чёрный Альфа смирился с поражением и сбегает вместе с Драго. Драконы склонились перед Беззубиком, признав его новым вожаком. Олух свободен и Иккинг начинает восстанавливать остров как новый лидер клана.