Девятилетняя Шэрон ДаСилва (Джодель Ферланд) подвержена лунатизму. Во сне её мучают кошмары, в которых она оказывается в заброшенном городе Сайлент Хилл. Приёмная мать девочки, Роза ДаСилва (Рада Митчелл) хочет отвезти её в этот город, чтобы Шэрон могла избавиться от кошмаров. Муж Розы, Кристофер ДаСилва (Шон Бин), категорически против такого решения, однако Роуз всё равно везёт Шэрон в Сайлент Хилл. По дороге за ними пускается в погоню полицейская патрульная Сибил Бенетт (Лори Холден), подозревающая, что Роза - очередной маньяк, везущий похищенного ребёнка в Сайлент Хилл, чтобы убить (Беннет уже сталкивалась с подобными случаями). В итоге они оказываются в Сайлент Хилл все вместе.
При въезде в город странная фигура перебегает дорогу перед машиной Розы; при попытке избежать столкновения та попадает в аварию. За ними врезается в ограждение и мотоцикл Беннет. Очнувшись после удара, который должен был убить обеих, Роза обнаруживает, что её дочь исчезла. Под городом много лет бушует подземный пожар, из-за которого жители покинули Сайлент Хилл. С неба начинает падать пепел. ДаСилва принимается искать дочь и встречает Далию Гиллеспи (Дебора Ангер) - неухоженную и безумную женщину неопределенного возраста, которая тоже ищет свою пропавшую дочь.
Со временем Беннет, которая непостижимым образом тоже выжила после аварии, настигает Розу. Сначала она по-прежнему пытается арестовать Розу, но позже начинает ей верить, особенно после того, как они сталкиваются с какими-то невероятными существами, больше всего похожими на порождение ночного кошмара - не то демонами, не то зомби. Существа эти появляются из непроглядной тьмы, которая регулярно накрывает Сайлент Хилл. Только чудом женщинам удается раз за разом оставаться в живых. Они следуют указаниям, которые находят в странных рисунках, похожих на рисунки Шэрон. А попытавшись вернуться за помощью, они обнаруживают, что на месте въезда в Сайлент Хилл теперь расстилается огромная расселина, дна которой не видно, из-за вездесущего тумана.
Затем они находят странную общину религиозных фанатиков, которые убеждены, что только непоколебимая вера способна спасти их от ужасов и гибели. Общину возглавляет Кристабелла (Элис Крайдж). Члены общины пытаются помочь Розе найти её дочь, но постепенно Розе открывается страшная правда - именно Кристабелла виновна в участи, постигшей город много лет назад.
Кристабелла и её последователи пытались изгнать дьявола из маленькой Алессы Гиллеспи, дочери Далии. Они страшно обожгли девочку, а заодно вызвали уничтоживший город подземный пожар. Ненависть и мучения Алессы разделили её натуру на темную половину (Девочку-Демона) и светлую, которая воплотилась в Шэрон, внешне - абсолютную копию Алессы, только на несколько лет моложе. Вот почему Шэрон вспоминала Сайлент Хилл в своих снах. Демон-Алесса преследует Кристабеллу, которая убеждена, что осталась единственной силой, способной противостоять Апокалипсису. Она не знает (или не хочет знать), что никакого Апокалипсиса нет, а есть только ад, на который она и члены её общины обрекли себя сами.
В это время Кристофер ДаСилва пытается попасть в Сайлент Хилл, где пропали его жена и дочь. Инспектор Томас Гуччи (Ким Коатс) сначала пытается ему воспрепятствовать, но затем ведет его по городу, где нет никаких следов пропавших. Фильм довольно наглядно показывает, что Роза и Сибил существуют в совсем другом слое реальности, чем Кристофер и Томас: поисковая группа идёт по спокойной залитой солнцем школе, а одновременно с тем Роза и Сибил в той же школе в непроглядной тьме спасаются от жутких тварей. К тому же, Кристофер и Томас не видят при въезде в город никакой расщелины. Не найдя ответов в Сайлент Хилл, Кристофер пытается выяснить правду, вламывается в закрытый архив, где хранятся полицейские протоколы из Сайлент Хилл, но узнает только, что его приемная дочь невероятно похожа на Алессу Гиллеспи, которую Гуччи когда-то спас от смерти на раскалённых углях общины Кристабеллы, хотя Алесса навсегда осталась инвалидом. В приюте, куда подкинули много лет назад Шэрон, ему отказываются рассказать об обстоятельствах появления девочки. Гуччи вынуждает его вернуться домой и обещает, что для спасения его родных будет предпринято всё возможное. Видно, что Гуччи знает о Сайлент Хилл гораздо больше, чем хочет рассказать (и, возможно, гораздо больше, чем ему хотелось бы знать). Кристофер вынужден подчиниться.
Кристабелла случайно видит медальон Розы с портретом Шэрон и узнаёт в ней Алессу. Она начинает преследовать Розу и Беннет. Беннет попадает в руки фанатиков, которые сжигают её заживо (сжигание полностью показано на экране). В это время Роза пробивается через заселённый монстрами старый госпиталь, где, в последней комнате, она находит настоящую Алессу и её тёмную половину. Последняя рассказывает Розе всю историю ада Сайлент Хилл и предлагает сделку: женщина помогает Демону проникнуть в собор, где запираются на время тьмы сектанты, а Демон взамен помогает спасти Шэрон. Самостоятельно Демон неспособна войти в собор - слепая вера фанатиков является для неё непреодолимым заслоном. Однако Роза может пронести Демона в себе.
Тем временем Кристабелла готовит огненный экзорцизм и для Шэрон, которую она обнаружила прячущейся у Далии. Роза приходит в собор как раз в то время, когда девочку готовятся опустить в костёр. Роуз кричит Кристабелле, что её Апокалипсис - выдумка, что мир продолжает существовать, и только она виновата в проклятии, постигшем Сайлент Хилл. Кристабелла ударяет Розу ножом. Этот поступок окончательно подрывает веру фанатиков в своего лидера, и в собор попадает тёмная половина Алессы. Она вызывает из подземного огненного ада прикованную к больничной кровати обгоревшую и повзрослевшую Алессу. Вместе они уничтожают всех фанатиков - их разрывают на части нити живой колючей проволоки.
Роза и Шэрон отправляются домой. Но они по-прежнему существуют в другом слое реальности, о чём свидетельствует не только то, что они не могут видеть Кристофера, но и белёсый пепельный туман Сайлент Хилл.